Pembangunan masjid dimulai pada 1597. Itu diperintahkan oleh Sultana Safiye, yang merupakan istri Sultan Murad III dan kemudian Valide Sultan (Ibu Suri) Sultan Mehmed III. Dia memerintahkan masjid dalam kapasitasnya sebagai Valide Sultan, dua tahun setelah naiknya Mehmed III ke tahta Ottoman pada 1595, oleh karena itu nama resmi aslinya “Masjid Sultan Valide”.

Pembangunannya Masjid memakan waktu lebih dari setengah abad dan diselesaikan oleh Sultan Valide lainnya, Sultana Turhan Hatice, ibu dari Sultan Mehmed IV.

Setelah 1603, struktur yang dibangun sebagian secara bertahap rusak; dan semakin parah selama Kebakaran Besar pada 24 Juli 1660 dan, berlangsung selama lebih dari dua hari.

Masjid ini akhirnya selesai pada tahun 1663, dan diresmikan pada tahun 1665. Masjid ini dinamai “Masjid Sultan Valide Baru” (Yeni Valide Sultan Camii). Belakangan, nama ini secara resmi disingkat menjadi “Masjid Baru” (Yeni Cami) di antara masyarakat